1918年7月17日凌晨，尼古拉和皇后亚历山德拉、三个女儿、四个仆人被唤醒，准备迁移，集中在一个小房间。一伙布尔什维克契卡特工，突然闯入向他们集体射杀，然后浇以硫酸、汽油焚尸。埋于野外废洞中。1990年代，尼古拉二世家族遗骸被发现，经专家检测认定身份。1998年叶利钦总统命令，沙皇遗体隆重安葬在圣彼得堡的彼得保罗大教堂中，2000年俄罗斯正教为沙皇封圣。2008年俄罗斯最高法院正式为尼古拉二世平反，推翻全部犯罪指控，恢复名誉。